Il processo di fossilizzazione è favorito dall'ambiente marino; l'area euganea per milioni di anni è rimasta coperta da acque mediamente profonde, favorendo la deposizione di sedimenti e la conservazione di numerosi resti fossili.
Nel Giurese superiore (150 - 135 m.a.) si è depositato il calcare appartenente al Rosso Ammonitico, visibile sui Colli solo nella zona di Fontanafredda. Al suo interno sono stati trovati resti di ammoniti e aptici.
Tra i 135 e i 90 milioni di anni fa, nel Cretaceo inferiore-medio, si è depositato il Biancone, calcare bianco a grana finissima, che contiene ammoniti, belemniti, brachiopodi e l'ittiofauna di Cinto Euganeo (nella foto: Tselfatia formosa).
Nella Scaglia Rossa, un calcare argilloso rosso mattone (90 - 55 m.a., Cretaceo superiore - Eocene inferiore) si rinvengono echinidi (Lampadocorys sulcatus dal Museo di Cava Bomba), lamellibranchi e resti di selaci.
La Marna Euganea, calcare misto ad argilla, si è deposta nell'Eocene fino all'Oligocene inferiore (55 - 30 m.a.). Contiene nummuliti, lamellibranchi, crinoidi (nella foto) e resti di vegetali.
Dopo questo periodo il mare si è ritirato, perciò sono rinvenibili, nel Quaternario, fossili di ambiente terrestre, in genere grossi vertebrati, e molluschi di acqua dolce.
Di seguito è riportato l'elenco quasi completo delle oltre 160 specie di macrofossili rinvenute sugli Euganei. Non sono stati presi in considerazione i microfossili e, al momento, non sono disponibili le immagini.
Una descrizione completa dei fossili dei Colli Euganei è consultabile nel volume:
G. Astolfi - F. Colombara, La geologia dei Colli Euganei, Canova-Cierre, Padova 2003.
Giurese Superiore
AMMONITI
| Ptychophylloceras ptychoicum | (Quenstedt) | |
| Perisphinctes (Arisphinctes) plicatilis | (Sowerby) | |
| Holcophylloceras mediterraneum | (Neumayr) | |
| Hybolites hastatus | (De Blainville) | |
| Punctaptychus punctatus | (Voltz) | |
| Haploceras sp. | ||
| Sowerbyceras sp. | ||
| Lytoceras cfr. polycyclum | (Neumayr) | |
| Pseudoaptetoceras sp. |
CRINOIDI
| Saccocoma |
Cretaceo Inferiore - Medio
AMMONITI
| Lytoceras subfimbriatum | (D'Orbigny) | |
| Costidiscus cfr. reticostatus | (D'Orbigny) | |
| Holcodiscus (Spitidiscus) intermedius | (D'Orbigny) | |
| Holcodiscus (Spitidiscus) incertus | (D'Orbigny) | |
| Crioceratites duvali | (Léveillé) | |
| Crioceratites emerici | (Léveillé) |
APTICI
| Lamellaptychus |
BELEMNITI
| Duvalia lata | De Blainville |
BRACHIOPODI
| Pygope catulloi | (Pictet) | |
| Pygites diphyoides | (D'Orbigny) | |
| Triangope triangulus | (Valenciennes) | |
| Triangope euganeensis | (Pictet) | |
| Rugitela hyppopus | (Roemer) |
CRINOIDI
| Saccocoma |
OSTEITTI
| Coelodus cfr. saturnus | Heckel | |
| Palaeobalistum cfr. gutturosum | Arambourg | |
| Protosphyraena ferox | Leidy | |
| Thrissops microdon | (Heckel) | |
| Clupavus cfr. maroccanus | Arambourg | |
| Thrissopater magnus | Woodward | |
| Protelops sp. | ||
| Pachyrhizodus subulidens | (Owen) | |
| Pachyrhizodus intermedius | Sorbini | |
| Holcolepis sp. | ||
| Paravinciguerria praecursor | Arambourg | |
| Protostomias maroccanus | Arambourg | |
| Rhinellus sp. | ||
| Rharbichthys cfr. ferox | Arambourg | |
| Rhynchodercetis sp. | ||
| Enchodus cfr. venator | Arambourg | |
| Tselfatia formosa | Arambourg | |
| Omosoma simum | Arambourg |
PIANTE
| Frenelopsis | ||
| Gecnitia |
SELACI
| Isurus mantelli | (Agassiz) | |
| Lamna serrata | (Agassiz) | |
| Corax cfr. falcatus | Agassiz | |
| Ptychodus decurrens | Agassiz | |
| Ptychodus polygyrus | Agassiz |
VERMI
| Chondrites |
Cretaceo Superiore
BELEMNITI
| Belemnitella mucronata | (Schtolth) |
ECHINIDI
| Lampadocorys sulcatus | (Cotteau) | |
| Lampadocorys dallagoi | Airaghi | |
| Offaster pilula | Lamarck | |
| Rispolia subtrigonata | (Catullo) | |
| Stenonaster tuberculatus | (Defrance) | |
| Ovulaster gauthieri | Cotteau | |
| Cardiaster sp. | ||
| Echinocorys cfr. conicus | (Agassiz) | |
| Echinocorys marginatus | Goldfuss | |
| Echinocorys ovatus | Lamarck | |
| Echinocorys pyramidalis | (Portlock) | |
| Echinocorys vulgaris | Breynius | |
| Ismidaster toulai | Böhm | |
| Galeola papillosa | Lamarck | |
| Holostreidae |
LAMELLIBRANCHI
| Inoceramus lamarcki | Roemer | |
| Teredo |
MOSASAURI
| Mosasaurus sp. |
RETTILI
| Coprolite di tartaruga |
SELACI
| Otodus obliquus | Agassiz | |
| Palaeohypotodus ? sp. | ||
| Odontaspidae | ||
| Hexanchus sp. | ||
| Thrinax sp. |
Terziario
ANELLIDI
| Rotularia spiralaea | (Lamarck) |
BRACHIOPODI
| Terebratulina asperula | Koenen | |
| Terebratulina michelottina | Davidson | |
| «Terebratula» cfr. guembeli | Fabiani | |
| «Terebratula» seguenziana | Davidson | |
| «Terebratula» taurolata | Sacco | |
| Erymnaria polymorpha | (Massalongo) |
BRIOZOI
| Acanthodesia macrostoma | (Reuss) | |
| Conopeum hookeri | (Haime) | |
| Cellaria sp. | ||
| Cribrilaria radiata | (Moll) | |
| Retepora sp. | ||
| Retepora tubercolata | Reuss | |
| Sparsiporina elegans | (Reuss) | |
| Cellepora sp. | ||
| Stenosipora simplex | (Koscinski) | |
| Batopora stoliczkai | Reuss | |
| Idmonea cfr. carinata | Römer | |
| Entalophora proboscidea | Milne-Edwars | |
| Oncousoecia varians | (Reuss) | |
| Hornera sp. | ||
| Ceriopora sp. | ||
| Lichenopora verrucosa | Philippi |
CRINOIDI
| Conocrinus pyriformis | Münster | |
| Balanocrinus diaboli | Bayan |
CROSTACEI
| Sphaeroma catulloi | Zigno | |
| Galathea sp. | ||
| Harpactocarcinus punctulatus | (Desmarest) |
ECHINIDI
| Echinolampas beaumonti | Agassiz | |
| Schizaster lucidus | Laube |
GASTEROPODI
| Emarginula nystiana | Bosquet | |
| Angaria bronni | (Philippi) | |
| Ficus conditus | (Brongniart) | |
| Volutilithes suturalis | Nyst | |
| Gemmula odontophora | (Koenen) | |
| Tornatellaea simulata | (Solander) |
LAMELLIBRANCHI
| Lentipecten corneus | (Sowerby) | |
| Chlamys (Aequipecten) biarritzensis | (D'Archiac) | |
| Nucula (Lamellinucula) rugulosa | (Koenen) | |
| Nuculana elata | (Koenen) | |
| Barbatia decussata | (Nyst & Westendorp) | |
| Barbatia alaeformis | (Koenen) | |
| Barbatia multipunctata | (Koenen) | |
| Limopsis (Pectunculina) retifera | Semper | |
| Spondylus cisalpinus | Brongniart | |
| Anomia goldfussi | Deshayes | |
| Gonimyrtea gracilis | (Nyst) | |
| Astarte henkeliusiana | Nyst | |
| Crassinella astarteiformis | (Nyst) | |
| Tellina (Moerella) praepostera | (Koenen) | |
| Cuspidaria (Halonympha) clava | (Beyrich) | |
| Isocardia cor | L. | |
| Isocardia subtransversa | D'Orbigny | |
| Musculus interstriatus | (Gümbel) | |
| Astarte goldfussi | Hinsch | |
| Venus (Ventricola) multilamella | (Lamarck) | |
| Cavilucina (Gonimyrtea) intercalata | (Hölzl) | |
| Chlamis multistriata | (Poli) |
NAUTILOIDEI
| Nautilus |
PIANTE
| Chrysodium sp. | ||
| Cyperites sp. | ||
| Dryophillum ombonii | Squinabol | |
| Quercus palaeophellos | Sap. | |
| Cymodoceites parisiensis | Bur. | |
| Collitrites brongniarti | Schimp. | |
| Cassia phaseolites | Ung. | |
| Melastomites euganea | Zigno | |
| Carpites digynia | Zigno | |
| Cinnamomum scheuchzeri | Heer | |
| Laurus sp. |
SELACI
| Procarcharodon auriculatus | De Blainville |
Quaternario
GASTEROPODI
| Valvata piscinalis | Müller | |
| Bythynia tentaculata | (L.) | |
| Viviparus sp. |
VERTEBRATI TERRESTRI
| Meles meles | L. | |
| Canis familiaris | L. | |
| Canis familiaris palustris | Rütimeyer | |
| Canis familiaris spalletti | Strobel | |
| Vulpes vulpes | L. | |
| Equus caballus | L. | |
| Sus scrofa | L. | |
| Sus scrofa antiquus | Canestrini | |
| Sus palustris | Rütimeyer | |
| Capreolus capreolus | L. | |
| Cervus elaphus | L. | |
| Capra hircus | L. | |
| Ovis aries palustris | Rütimeyer | |
| Bos taurus primigenius | Bojanus | |
| Bos taurus macroceros | Dürst | |
| Bos taurus brachyceros | Rütimeyer | |
| Castor fiber | L. | |
| Ursus spelaeus | Rosen & Klein |
